La chiesa anticamente era intitolata a San Francesco, fu poi dedicata al SS. Sacramento, a San Michele e agli Angeli. Apparteneva al convento di Santa Marta, fondato nel 1581.
Una lettera datata 9 gennaio 1587, di cui esiste una copia nell'archivio parrocchiale, rivela che a causa di disordini verificatisi nel Monastero di Santa Marta, il cardinale De Sens consigliava al vescovo di Pavia di trasferire le monache o comunque di vietare l'accettazione di altre novizie. Il 28 dicembre 1590 si decreta la concessione della chiesa e del monastero alla compagnia dei Padri Francescani Minori Osservanti, che vi rimarranno per 90 anni.
A causa della scarsa osservanza delle regole della vita monastica, con decreto del 15 marzo 1681, furono dispersi e destinati ad altri luoghi ed il monastero fu affidato ai Padri Francescani Minori Riformati che diedero grande impulso alla rinascita culturale e religiosa del Convento.
Vi istituirono uno studio di teologia, organizzarono una ricca biblioteca, un ospedale per gli infermi ed una farmacia. La loro opera continuò sino al 1805, quando Napoleone emanò il decreto di soppressione degli ordini religiosi. Il convento rimase chiuso sino al ritorno dei Savoia e quindi fu concesso alla Confratemita di San Michele c del SS. Sacramento che aveva sede in un oratorio dedicato a San Michele, situato nel centro del paese, nell'attuale Piazza Repubblica, che si chiamava appunto di San Michele.
Sopra la facciata della chiesa vi è un affresco raffigurante San Michele, copia di un dipinto di Guido Reni. La navata è fiancheggiata da tre cappelle per lato. Nella prima a sinistra, sopra l'altare di stile barocco, una tela raffigura San Pasquale; nella cappella mediana, l'altare è in stucco, in stile cinquecentesco con una tavola raffigurante la Crocifissione; nella terza cappella un quadro raffigura la Vergine con il Bambino attormata da San Gerolamo e dal piccolo Giovanni Battista, porta la firma di Domenico Buovicino e la data 1626.
L'abside si apre ampia con l'affresco che raffigura l'Assunta circondata da angeli e da figure simboliche. Il dipinto originario era di Guglielmo Caccia, detto il Moncalvo (ec. XVII); di esso sono rimaste solo la testa, le mani e il braccio sinistro della Madonna; il resto è stato rifatto ed aggiunto nel 1864 dal pittore Paolo Maggi di Sannazzaro.
Sul cornicione del coro vi sono quadri raffiguranti San Giovanni Evangelista, la Madonna, Sant'Andrea, San Francesco. L'altare maggiore è di purissima scagliola, in stile barocco ornato. Sul lato destro vi è la cappella dedicata alla Madonna di Lourdes, quella intitolata a San Michele, raffigurato in un quadro sopra l'altare; nell'ultima vi è una statua in legno della Madonna del Carmine.
